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| 本文作者： Deeperblue | 2016-09-09 14:42 |
雷鋒網按：本文由DeeperBlue發布雷鋒網。
實驗證明，與其刻苦減肥，不如 “吃屎”。
2009 年，美國微生物科學院院士、上海交大教授趙立平通過微生物基因組測序技術，證實肥胖與雙歧桿菌減少 、硫酸鹽還原菌增加正相關。為了改變胖子的腸道菌群，美國麻省總醫院研發了一種 “有味道” 的技術：把瘦子的糞便制成減肥藥。這項技術稱為 “糞菌移植” ，已經成為微生物組產業三大支柱之一（微生物基因組檢測、微生態藥物以及糞菌移植技術）。
聽起來有些難以下咽，但學界認可：目前糞菌移植技術在 SCI 上已有 614 篇相關文獻發表。
我們的腸道里有上千種微生物、萬億個微生物細胞。如何知道哪一種微生物能夠幫助減肥？哪些微生物會讓人變胖？
腸道中有雙歧桿菌、大腸桿菌、優桿菌、類桿菌等上千種微生物。
這就需要用到微生物基因組測序和分析。簡而言之，就是對微生物進行基因測序，然后放到數據庫中進行比對，繼而分析出微生物的種類，哪一種有益，哪一種有害，甚至各自的功能。
2016 年 5 月，奧巴馬政府推出 “國家微生物組計劃（NMI）”，啟動資金超過 5 億美元。國際上已有 8 個人體微生物組計劃，9 個環境微生物組計劃。人類投資數十億美元，試圖用基因測序精準描繪十幾萬種微生物的遺傳信息。
目前人體與動物基因組已測序完畢，數據庫完備。而微生物基因組測序比前兩者整整晚了十年。
微生物組測序這片未知領地一經探索，可推動以下三個領域的發展：
1. 微生物可以應用于臨床診斷和治療。
例如，如果我們想要避免做腸鏡，可以以糞便為樣本，檢測腸道菌群，找出失調的微生物，與已知的病癥對應菌群分布進行對比，診斷病情。進而研發出相應藥物對失調的微生物進行激活或者抑制。
人體自身攜帶 1000 萬億個微生物細胞，總重量加起來超過 1 公斤。微生物與人體互利共生，互相影響健康。科研已證實腸道菌群失調與肥胖癥、糖尿病、精神疾病等等有直接關系。
2. 微生物可以應用于保健品行業。
比如某些酸奶就主打益生菌和益生元對腸道的益處。不同菌種、不同菌株和配比，能產生不同功效，可根據每種人群的腸道菌群，針對性研制益生菌產品，還可用腸道菌群測序結果來評價保健品的調理效果。
3. 微生物可應用于農業。
微生物養料可精確定制不同農作物所需的微生物養料，可顯著提高農業產量。
圖為非洲最大的棉花基地 Burkina Faso，主席 Christian Kabore 在采訪中表示，棉花產量已經不足了。
1995 年，生命科學家弗雷徹曼（ Fleichman ）完成了流感嗜血桿菌的全基因組測定，微生物基因測序的研究啟動。
第一，基因測序技術經歷了三代革新，第三代測序技術時間縮短、成本降低，讓大規模微生物組測序成為可能。對于一個微生物的全基因組，第一代測序技術要 100 臺儀器、數年、數十萬美元才能測完。而現在一臺儀器、十分鐘、幾千美元就能測。
第二，微生物基因的數據庫越來越大、越來越精準。
2007 年，美國啟動了 900 個微生物組測序的 “人類微生物組計劃”，目前已接近完成。截止 2015 年，在美國國家生物技術信息中心（NCBI）的公開數據庫，已收錄 4517 種細菌、 3926 種病毒、 272 種古生菌的全基因組序列。
第三，云計算、機器學習在生物方面的應用開始普及。
微生物組信息量極大。如果把 NCBI 的微生物組數據用 DVD 儲存（平均 700 MB），這些 DVD 壘起來有 4 個世界第一高樓迪拜塔高。云計算的出現，能夠突破本地儲存對硬件的高要求。
微生物基因的數據信息復雜。即使最新測序技術也無法突破測序結果誤差大，不完整的瓶頸。這些碎片化，有錯誤的的微生物信息難以正確比對數據庫中的信息。而機器學習算法發展，能夠有效，快速得分析數據。
在歐美，“微生物組測序”正在從實驗室走向市場。在中國，微生物組測序服務只針對科研，提供者如華大基因、諾禾致源、美吉生物等。目前，微生物組測序的商業應用一片空白，人們正期待新的產業誕生。
目前，將微生物組測序進行商業應用的公司大部分處于初創階段，主要集中在法國和美國兩個國家。應用于醫療診斷，農業和保健食品三個領域。深藍挑選出了三家相對成熟的創業公司，挑選依據如下：對應市場需求點、技術可靠程度、創始人背景。
1. Enterome Biosicence
創始團隊通過研究腸道菌群基因組開發藥品，有望根治號稱消化科 “頭號怪病” 的克羅恩病。這是一種病因不明、反復發作、無法根治的腸道炎癥性疾病。團隊發現，形成該病的主要原因是粘附侵襲性大腸桿菌（AIEC）過多，造成腸道黏膜病變。這款能有效抑制大腸桿菌增殖的藥物正處于人體臨床試驗階段。
Enterome Bioscience 官網界面，主打多年資深微生物基因組研究技術。
Enterome Bioscience 2012 年成立于巴黎，今年 5 月在位于波士頓的生物醫藥創業硅谷——肯德爾廣場（ Kendall Square）開了一家分公司。肯德爾廣場緊鄰哈佛、MIT，是世界生物技術研發重鎮。公司獲得了兩輪共 1750 萬歐元融資，投資方包括微生物投資的全球領導者 Seventure Partners 及雀巢等。
公司亮點：
1. 歐美有約 100 萬克羅恩患者，其中 50% 中重度患者需進行長期治療。然而，服用免疫抑制劑和手術等治療手段只治標不治本。據估計，在 2020 年將有 60 萬中重度患者，意味著 56 億美元的市場。
2. 創始人達斯庫 · 艾瑞里奇（ Dusko Ehrlich） 擔任法國國家農業研究所（INRA）的研究總監，領導開發了 INRA 宏基因組平臺。艾瑞里奇曾在科技期刊發文超過 350 篇。他參與過多個國際微生物組計劃。其余兩位核心人物均有超過 15 年的微生物組科研經驗。
3. Enterome 獲得法國國家農業研究所（INRA）技術和資金支持，擁有超過 20 年的研發歷史，是微生物組應用的先驅。
4. Enterome 基因組數據庫完備，包含所有糞便微生物的全基因組。
5. 公司的合作伙伴包括強生制藥，梅奧診所，藥物開發公司艾伯維，武田藥品工業株式會社等。Enterome 利用其專有的完備基因組數據庫，和這些公司共同開發針對克羅恩病、運動障礙疾病等微生物相關疾病。
2. uBiome
這家公司可以為你口腔或腸道中的菌落測序。一個采樣套餐 89 美元，用戶自主采樣后將樣本寄回 uBiome， 4-6 周后收到報告。報告不僅包括腸道菌落的種類分布，還可將你的結果與健康人、素食主義者、肥胖者、嗜酒者等等對比。多次測試后，還可以比較不同時間的菌落分布。
uBiome 網站界面，展示單次或多次測量套餐產品，自主測試，方便用戶。
2013 年，uBiome 作為全球第一個對大眾開放微生物組測序的商業公司，最初的資金由網絡眾籌得來，共吸引到了 2500 個參與者的 35 萬美元支持。2014 年，uBiome 獲得種子輪 150 萬，A 輪 450 萬美金的融資，后成功選入 Y Combinator 以及由 PayPal/Google 創立的 500 Startups.
公司亮點：
1. uBiome 主要提供個人基礎測序服務，利用云服務儲存與機器學習，最后將分析結果整理成生動直觀，用戶容易理解的報告。
2. 可以分析的微生物來源廣。公司不僅可以分析口腔、腸道中的菌落，還可以分析鼻子、皮膚、生殖器的菌落。除了人體，uBiome 已經分析了腫瘤活檢樣本、豬的糞便、海水里的微生物等等。
3. 開啟多方合作，建立商業生態系統。uBiome 為益生元公司 ISOThrive 提供微生物基因測序服務。同時，uBiome 與美國疾病控制與預防中心合作，對至少 1 萬份病人糞便樣本進行測序分析，拓展數據庫。此外，uBiome 還向醫療領域進軍，與醫療機構 OpenBiome 的臨床醫生合作，研究糞菌移植技術。
2. Indigo
Indigo 今年 7 月剛發布首款產品 Indigo Cotton 。 這款 100% 環保產品， 通過微生物組測序，將干旱地區的棉花產量提高了 10%。而現代農業的產量年增長僅為 1%。
Indigo 官網界面。Indigo 采用微生物方式提高作物產量，相比化肥等催產方式，既可以節水，又不會對農作物造成損傷，100% 環保可持續。
這家美國公司成立于 2014 年，首輪投資獲得 5600 萬美元，今年又獲得 1 億美元的投資，這是農業標的有史以來獲得的最大一筆融資。
公司亮點：
1. Indigo 的產品不僅僅可以提高農作物產量，迎合萬億級農業市場需求，還可以應對全球水資源短缺問題。農業生產水資源用量占全球水資源用量的 70%。在保護環境的基礎上，Indigo 用有益微生物處理的低用水量、高產量農作物可能會徹底改變農業現狀。
2. 公司只有當作物產量有可量化的增長時才會收取費用，這種模式可促使客戶購買。今年年底將推出第二款產品 Indigo Wheat，繼續針對美國大片的干旱地區，提高小麥的水分利用率。
3. 公司 CEO 在過去的 18 年里創立了 3 家公司，其中兩個都已經成功上市，募集了超過 7.5 億美元； 第三個公司是開發一個小分子生物藥的，今年被輝瑞以 52 億美元收購。
4. 科技總監羅杰特（Roger） 是農業學專家， 2009-2011 被奧巴馬欽點的國家食品農業研究所第一任所長。他目前還擔任加州大學世界食品中心所長，Donald Danforth 植物科學中心名譽校長。
5. Indigo 利用微生物組測序技術和生物信息學計算方法，組建了一個關鍵微生物組信息數據庫，利用機器學習，預測對農作物生長最有利的微生物。將這些微生物應用到農作物上，有利于農作物抵御病蟲害，提高營養攝入量、水分利用率，最終提高產量。
6. 公司的研究團隊約 60 人，已為 4 萬個微生物進行全基因組測序。公司還已經在三個大洲的十幾種作物進行了全年測試。
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