新冠病毒已突變系誤讀，S 亞型實(shí)際上是 L 亞型的“祖先”？

一個(gè)不可否認(rèn)的事實(shí)是，新冠病毒還在以我們不可知的方向變化著，面對(duì)勝過(guò) SARS 病毒的新冠病毒，科研人員最擔(dān)心的事情還是來(lái)了。

雷鋒網(wǎng)消息，3 月 3 日，中國(guó)科學(xué)院主辦的《國(guó)家科學(xué)評(píng)論（ National Science Review ）》發(fā)表題為《關(guān)于 SARS-CoV-2 的起源和持續(xù)進(jìn)化（ On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2）》的論文。

論文對(duì)目前為止最大規(guī)模的 103 個(gè)新冠病毒全基因組分子進(jìn)化分析，發(fā)現(xiàn)病毒株已發(fā)生了 149 個(gè)突變點(diǎn)，其中 101 個(gè)可歸類為 L 和 S 兩個(gè)亞型。其中 S 型是相對(duì)更古老的版本，而 L 亞型更具侵略性，傳染力更強(qiáng)。從占比上看，L 亞型更為普遍，達(dá)到 70% ，S 亞型占 30% 。

對(duì)此，不少網(wǎng)友也表示擔(dān)心：“我懷疑這個(gè)病毒有智商”。

新冠病毒可能分為兩種類型，并非近期突變

值得注意的是，今日午間，據(jù)界面新聞報(bào)道，行業(yè)媒體 BioArt 團(tuán)隊(duì)分析了相關(guān)科研團(tuán)隊(duì)的研究后表示：有媒體所稱的“新冠病毒已突變”系誤讀，正確理解應(yīng)該為：新冠病毒可根據(jù)基因組不同的突變位點(diǎn)分為 L 、S 兩個(gè)類型，但這兩個(gè)突變型在病毒爆發(fā)的早期可能就已存在，并非近期突變而成。

所以，究竟是怎么回事呢？這恐怕還要回到論文本身。

S 亞型是 L 亞型的“祖先”，未發(fā)生重組？

雷鋒網(wǎng)了解到，此次研究共選取了 103 個(gè)病毒基因組序列，發(fā)現(xiàn)病毒株已發(fā)生了 149 個(gè)突變點(diǎn)，其中包括 43 個(gè)同義突變( synonymous mutation )和 83 個(gè)錯(cuò)義突變( nonsynonymous mutation )，而 70% 的病毒序列具有7 個(gè)相同的正義突變，外加 1 個(gè)相同的錯(cuò)義突變( L84S )，從而影響了病毒 6 個(gè)蛋白質(zhì)的功能。

103個(gè)新冠病毒毒株的衍生突變頻譜分析，橘黃色為非同義突變、綠色為同義突變（圖來(lái)源自論文）

研究將這 70% 具有這些突變的病毒分類成為了 SARS-CoV-2 的 L 亞型 ( L 來(lái)源于錯(cuò)義突變 L84S)；而 S84L 的則被稱為 S 亞型。

論文作者認(rèn)為，根據(jù)新型冠狀病毒的演變方式推測(cè)，L 亞型和 S 亞型的傳播能力、致病嚴(yán)重程度或許存在較大區(qū)別。

為了進(jìn)一步研究 L 型和 S 型菌株之間的關(guān)系，研究人員根據(jù) 103 種 SARS-CoV-2 病毒的全基因組序列重建了它們的進(jìn)化樹 ( phylogenetic tree)。

103個(gè)新冠病毒毒株的進(jìn)化樹（圖來(lái)源自論文）

由此進(jìn)一步確證了這兩種亞型的差異。

在 SARS-CoV 家族中，其它較早病毒的序列均為 S84L 。因此，研究認(rèn)為目前在流行的 L 亞型是 S 亞型進(jìn)化而來(lái)的，S 亞型實(shí)際上是 L 亞型的“祖先”。

值得注意的是，研究分析認(rèn)為兩個(gè)亞型并沒(méi)有發(fā)生自然界的循環(huán)重組；SNP 分析進(jìn)一步確認(rèn)了這種譜系分類，72 個(gè)病毒序列為 T28144，即編碼 L；29 個(gè)病毒序列為 C28144，即編碼 S。L 型是 T 堿基(對(duì)應(yīng)亮氨酸，Leu)，S 型是 C 堿基(對(duì)應(yīng)絲氨酸，Ser)。

通過(guò)與其他冠狀病毒比較，作者發(fā)現(xiàn) S 亞型新冠病毒與蝙蝠來(lái)源的冠狀病毒在進(jìn)化樹上更接近，從而得出 S 亞型相對(duì)更古老的結(jié)論。

L 亞型在武漢暴發(fā)的早期階段更為普遍，而 L 亞型的發(fā)生頻率在 2020 年 1 月初后有所下降。作者認(rèn)為，人為干預(yù)可能對(duì) L 亞型施加了更大的選擇性壓力，如果沒(méi)有這些干預(yù)，L 亞型可能更具侵略性和擴(kuò)散得更快速。另一方面，由于選擇壓力相對(duì)較弱，在進(jìn)化上較老且攻擊性較小的 S 型可能在相對(duì)頻率上有所增加。

一個(gè)很自然的推論是：相對(duì)古老的 S 型新冠病毒應(yīng)該產(chǎn)生更多的病毒株，因其有更多的時(shí)間在人群中傳播。然而，基因組數(shù)據(jù)表明 L 型占 70% ，S 型占 30 %，且每個(gè) L 型病毒株比 S 型攜帶了相對(duì)較多的新生突變。為什么相對(duì)年輕的 L 型新冠病毒卻產(chǎn)生了更多的病毒株？作者推測(cè)，L 型病毒傳播能力更強(qiáng)，或者在人體內(nèi)復(fù)制更快，因此可能意味著其毒力也更大。

兩種新冠病毒亞型在時(shí)間和空間分布上存在差異（圖來(lái)源自論文）

作者進(jìn)而比較了 1 月 7 日前后 S 型和 L 型所占比例的變化，他們發(fā)現(xiàn) L 型在病毒株中的比例下降，而 S 型比例上升。對(duì)于這一有些反常的變化，作者也給出了自己的假設(shè)——因?yàn)橹袊?guó)采取了強(qiáng)有力的防疫措施，L 型病毒的患者可能更容易表現(xiàn)出癥狀，因而更容易受到人工干預(yù)，從而使 L 型新冠病毒受到的負(fù)選擇壓力更大，感染的人數(shù)由此變少。

除此之外，這 103 個(gè)樣本顯示，大部分患者只感染了 L 亞型或 S 亞型中的一個(gè)。但其中一位近期有過(guò)武漢旅行史的美國(guó)患者分離出的病毒株，顯示其可能同時(shí)感染了 L 亞型和 S 亞型新冠病毒。不過(guò)，作者表示目前還無(wú)法排除新突變型的可能性。

總體而言，這項(xiàng)研究通過(guò) 103 個(gè) SARS-CoV-2 的基因組分析，首次系統(tǒng)闡述了病毒在人群傳播過(guò)程中的演化動(dòng)態(tài)。同時(shí)，作者也指出這些發(fā)現(xiàn)意味著，目前迫切需要結(jié)合基因組數(shù)據(jù)、流行病學(xué)數(shù)據(jù)和 2019 年冠狀病毒患者臨床癥狀圖表記錄，進(jìn)行進(jìn)一步的全面研究。

別慌，病毒突變符合正常流行病學(xué)規(guī)律

盡管如此，這一消息還是將大家的心揪起來(lái)了。病毒突變了，會(huì)不會(huì)讓疫情更加嚴(yán)重？一時(shí)間，知乎、微博上關(guān)于新冠病毒突變的討論甚囂塵上。

對(duì)此，BioArt 則給出了一個(gè)更令人信服的說(shuō)法：

一方面，需要科研人員帶來(lái)更權(quán)威、更專業(yè)的解釋（需要提一句的是，我們都知道科研更多的是一種“提出假說(shuō)-驗(yàn)證假說(shuō)-否定假說(shuō)-再提出新假說(shuō)”的過(guò)程，因此我們也應(yīng)該給科研人員更多的寬容，因?yàn)楸緛?lái)科研就是不斷完善和發(fā)展的）；

另一方面，在這個(gè)人人都是媒體的年代，如何能堅(jiān)持底線，不盲目解讀科學(xué)結(jié)論、不傳播不責(zé)任的內(nèi)容，也是每一個(gè)在傳播鏈節(jié)點(diǎn)上的個(gè)體要思考的。

此外，論文作者特別強(qiáng)調(diào)，新冠病毒不是新近發(fā)生變異而分化成 L 和 S 型，而是這兩個(gè)突變型在病毒爆發(fā)的早期可能就已經(jīng)存在，是現(xiàn)在的隔離和醫(yī)療措施把可能更有害的 L 型頻率給降低了。這一結(jié)果說(shuō)明當(dāng)前防疫和治療的策略及措施是完全正確、并富有成效的。

當(dāng)然，他們的結(jié)果是建立在非常少的樣本量，并且主要是基于分子演化的結(jié)果。更全面的病毒演化信息還需要更多專家們用更多樣品結(jié)合臨床數(shù)據(jù)來(lái)驗(yàn)證。

或許，我們現(xiàn)在應(yīng)該再耐心一點(diǎn)，畢竟，奮戰(zhàn)在前線的醫(yī)護(hù)人員和科研人員比我們更想早一點(diǎn)結(jié)束這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)。

雷鋒網(wǎng)雷鋒網(wǎng)

參考資料：On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2

知乎熱搜：如何看待中國(guó)科研團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)新冠病毒已突變，演化出兩個(gè)亞型，且傳染力或有差異？發(fā)生了哪些變化？

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